Reproductibilité de la signature moléculaire Prosigna/PAM50® : expérience de deux centres français

Reproductibility of the PAM50-based Prosigna Breast Cancer Prognostic Gene Signature Assay: experience of two french centres

R Duprez-Paumier (1), F Penault-Llorca (2), H Roché (3), F Dalenc (3), E Jouve (4), A Pradines (5)
(1) Service de Pathologie, IUCT-Oncopole, 1 avenue Irène Joliot-Curie, 31059 Toulouse Cedex 9, France
(2) Service de Pathologie, Centre Jean Perrin, 58 rue Montalembert, 63011 Clermont-Ferrand Cedex 1, France
(3) Service d’Oncologie, IUCT-Oncopole, 1 avenue Irène Joliot-Curie, 31059 Toulouse Cedex 9, France
(4) Service de Chirurgie, IUCT-Oncopole, 1 avenue Irène Joliot-Curie, 31059 Toulouse Cedex 9, France
(5) Service de Biologie Médicale, IUCT-Oncopole, 1 avenue Irène Joliot-Curie, 31059 Toulouse Cedex 9, France

signature génomique, PAM50, ROR-score, cancer du sein, reproductibilité

gene signature assay, PAM50, ROR-score, breast cancer, reproductibility

Contexte
Parmi les signatures multigéniques visant à mieux stratifier les patientes atteintes d’un cancer du sein selon leur pronostic et leur bénéfice potentiel à un traitement cytotoxique, le test décentralisé Prosigna/PAM50® permet à la fois la classification en sous-types moléculaires intrinsèques (luminaux A et B, basal-like et HER2) ainsi que la détermination du risque de récidive à distance à 10 ans selon -i) l’estimation individuelle de probabilité de récidive à 10 ans (de 0 à 100) -ii) le calcul du ROR-score (faible, intermédiaire ou élevé). Ce dernier est établi selon un algorithme combinant la signature génique, le sous-type intrinsèque, la taille tumorale, le statut ganglionnaire (N) et un score de prolifération.
Notre objectif a été d’étudier la reproductibilité de ce test réalisé sur le système d’analyse nCounter®Dx (Nanostring Technologies) indépendamment entre deux laboratoires: celui du Centre Jean Perrin (Clermont-Ferrand)(CJP) et celui de l’Institut Universitaire du Cancer Toulouse-Oncopole (IUCT-O).

Méthodes
Dans un premier temps, le test Prosigna/PAM50® a été réalisé au CJP sur 12 carcinomes mammaires pour lesquels les cliniciens hésitaient à prescrire une chimiothérapie adjuvante. Après sélection du bloc fixé en formol et inclus en paraffine représentatif de la tumeur par le pathologiste, cerclage de la tumeur sur lame colorée puis indication de la surface et du pourcentage de cellularité tumorale, la tumeur a été étalée sur lames blanches, macro-disséquée pour extraction de l’ARN puis analyse automatisée sur le nCounter®Dx. Dans un second temps, le test a été réalisé à l’IUCT-O sur 10 de ces 12 tumeurs, après nouvelle extraction d’ARN à partir du même bloc tumoral. En parallèle, les 12 ARN tumoraux extraits au CJP ont également été à nouveau testés à l’IUCT-O.

Résultats
Parmi les 12 carcinomes mammaires testés, 9 étaient de type histologique non spécifique, 2 de type lobulaire et 1 de type micro-papillaire. La taille tumorale variait de 1,6 à 6 cm. Onze tumeurs étaient de grade histologique II et 1 de grade III. Toutes exprimaient le récepteur aux œstrogènes et 10 exprimaient le récepteur à la progestérone. Aucune ne surexprimait HER2. L’index de prolifération variait de 5 à 40%. Trois tumeurs étaient N+.
Parmi les 10 tumeurs pour lesquelles a été réalisée une nouvelle extraction d’ARN à l’IUCT-O, 7 étaient classées en sous-type luminal A et 3 en sous-type luminal B, de façon identique dans les 2 centres. Pour 1 cas seulement, le ROR-score était intermédiaire dans le premier centre et bas dans le second, alors que le risque de récidive à 10 ans était similaire dans les deux centres.
L’analyse des 12 tumeurs sur les 2 centres à partir des mêmes échantillons d’ARN montre une concordance à 100% du risque de récidive à 10 ans, du ROR-score et de la classification en sous-type intrinsèque.

Conclusion
Nous montrons la reproductibilité inter-laboratoires du test Prosigna/PAM50®. En effet, seule une discordance portant sur le ROR-score d’une des 12 tumeurs a été observée, sans conséquence pour la décision thérapeutique puisque le sous-type moléculaire était le même et le risque de récidive à 10 ans similaire dans les deux centres. Cette discordance mineure peut être expliquée par i) l’hétérogénéité intra-tumorale inhérente à toute tumeur, i)) le repérage de la tumeur, pouvant varier d’un pathologiste à l’autre. Les données pré-analytiques sont donc à prendre en compte dans l’interprétation des résultats du test.