Optimisation des circuits d’échantillons et de données à l’échelle nationale, dans le cadre de la réalisation de tests génomiques semi-centralisés.

Optimization of samples and data pathway for semi-centralized genomic tests in France.

D Héquet (1, 2), C Callens (3) C Dubot (4), F Lerebours (4), A Roulot (1), JM Guinebretière (5), I Bièche (3), D Gentien (6), R Rouzier (1, 2)
1. Service de chirurgie oncologique, Institut Curie-Centre René Huguenin, 35 rue Dailly, 92210 St Cloud, France
2. Equipe d’Accueil 7285, Risques Cliniques et Sécurité en santé des femmes et en santé périnatales, University Versailles-Saint-Quentin, 2 rue de la source de la Bièvre, 78180 Montigny-le-Bretonneux, France
3. Département de pharmaco-génomique, Institut Curie, 26 rue d’Ulm, 75005 Paris, France
4. Département d’oncologie médicale, Institut Curie-Centre René Huguenin, 35 rue Dailly, 92210 St Cloud, France
5. Département de pathologie, Institut Curie-Centre René Huguenin, 35 rue Dailly, 92210 St Cloud, France
6. Plateforme de génomique, Institut Curie, 26 rue d’Ulm, 75005 Paris, France

Circuits de données
circuit d'échantillon
tests génomiques

Data pathway
samples pathway
genomic tests

Contexte : le test Prosigna mesure l’expression de 50 gènes au sein de la tumeur, sur pièce opératoire. Le test fournit le sous-type moléculaire, la probabilité de récidive métastatique à 10 ans, le score de risque de récidive à distance, la catégorie de risque de récidive de la patiente (faible, intermédiaire, élevé). Prosigna repose sur la technologie nCounter-NanoString®, dérivée des puces à ADN et très automatisée, permettant une réalisation des tests dans des laboratoires spécialisés ayant la formation et l’expertise pour la validation des résultats. C’est la notion de tests semi-centralisés. Cela implique l’établissement de circuits à la fois des données (clinico-biologiques et résultats du test) et des tissus, entre les centres réalisant les tests et ceux prenant en charge les patientes. Nous présentons ici les circuits mis en place par l’Institut Curie au cours de l’étude clinique prospective multicentrique « Impact Décisionnel du test Prosigna» (100 patientes incluses/200) ayant pour objectif d’évaluer l’impact de Prosigna sur les décisions de traitement adjuvant chez des patientes ayant un cancer du sein à un stade précoce (protocole présenté à la SFSPM 2014).
Circuit des échantillons
- Service d’anatomopathologie du centre prenant en charge la patiente : envoi du bloc de tissu fixé dans le formol et inclus en paraffine, par voie postale
- Service d’anatomopathologie « central » : Institut Curie-Centre René Huguenin, St Cloud : découpes de lames HES et blanches cerclées orientant la microdissection. Retour du bloc après validation des résultats du test
- Service de pharmaco-génomique, Institut Curie, Paris : microdissection des lames blanches orientées par le cerclage et extraction d’ARN
- Plateforme de génomique, Institut Curie Paris : réalisation du test Prosigna sur l’ARN extrait.
Circuit des données
- Envoi postal du compte-rendu de pathologie (contenant l’histologie définitive et l’immunohistochimie réalisée sur biopsie et/ou pièce opératoire) par le centre prenant en charge la patiente, après signature du consentement éclairé par celle-ci.
- Validation des résultats du test au cours d’une réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP) réunissant biologistes, anatomopathologistes, ingénieurs de la plateforme et oncologues médicaux).
- Mise en ligne des résultats du test, anonymisés sur un eCRF (electronic Case Report Form) réunissant les données clinico-biologiques des patientes, le rapport Prosigna et le compte-rendu de la RCP.
Difficultés rencontrées : délais initialement trop longs, 21 jours consécutifs en moyenne entre signature du consentement éclairé et mise en ligne des résultats validés.
Paramètres ayant été optimisés :
- alerte d’inclusion prévenant les laboratoires de l’envoi d’un bloc
- passage de 1 à 2 procédés par semaine pour l’ensemble des étapes (coupe des lames, extraction de l’ARN, test Prosigna, RCP dédiée)
Ces modifications ont permet de réduire à 14 jours le délai entre signature du consentement et mise en ligne des résultats.
Points à améliorer :
- temps de préparation des échantillons pour envoi des blocs
- délai réception bloc- coupes des lames
- délai d’acheminement des blocs
Conclusion : L’expertise pour la réalisation de tests décentralisés réside à la fois en la réalisation du test et en la validation des résultats. Il s’agit d’un procédé multidisciplinaire qui nécessite une organisation des circuits des tissus et des données.